Artikelen in het EJM dienen in grote lijnen dezelfde opbouw te hebben. De opbouw die wordt gehandhaafd is doorgaans identiek aan de opbouw van de meeste verslagen die studenten tijdens de bachelor- en masterfase van geneeskunde dienen te schrijven. Deze standaard opbouw is als volgt: introductie, methoden, resultaten, discussie en conclusie. Daarnaast is een abstract aan het begin van het verslag een vereiste, dit is een korte samenvatting waarin de kern van het artikel terug te vinden is.
Introductie
De introductie leidt het onderwerp van het artikel in. Hierbij wordt relevante contextinformatie gegeven zodat de lezer van het artikel, ervan uitgaande dat hij of zij totaal geen kennis heeft van het onderwerp, toch genoeg informatie meekrijgt om het artikel te kunnen begrijpen en de denkstappen die worden gemaakt te kunnen volgen. Daarnaast dient in de introductie een probleem beschreven te worden, waar de te beantwoorden vraagstelling uit voortvloeit. Verder moet uit de introductie blijken waarom dit artikel relevant of interessant is.
Methode
In de methode wordt allereerst beschreven welk type het onderzoek is. Daarna volgt een bondige doch complete beschrijving van de manier waarop het onderzoek is uitgevoerd. Hierbij is het belangrijk dat het uitgevoerde onderzoek gerepliceerd kan worden. Verder is het belangrijk om te beschrijven hoe de verkregen data is geanalyseerd.
Resultaten
In dit deel worden de resultaten van het onderzoek gepresenteerd. Hierbij kunnen tabellen of figuren worden gebruikt die de geschreven tekst ondersteunen, daarbij moeten de tabellen en figuren wel uitgelegd worden in de tekst. Let op dat de resultatensectie puur bedoeld is om de resultaten te presenteren, er mogen nog geen conclusies worden getrokken.
Discussie
In de discussie worden de resultaten geïnterpreteerd en wordt er geprobeerd om de hoofdvraag van het onderzoek te beantwoorden. Verder worden limitaties van het onderzoek benoemd en kan er suggesties worden gedaan voor vervolgonderzoek. Resultaten van het onderzoek kunnen worden vergeleken met resultaten van andere onderzoeken.
Conclusie
Een conclusie bevat nogmaals de belangrijkste resultaten van het onderzoek evenals een kort maar duidelijk antwoord op de vraagstellingen uit de introductie.