De kerntaken van het Erasmus MC zijn patiëntenzorg, onderwijs en onderzoek. Op elke medische afdeling wordt onderwijs gegeven en wetenschappelijk onderzoek verricht. Het onderzoek binnen het Erasmus MC strekt zich uit van fundamenteel niet-klinisch onderzoek tot patiëntgebonden onderzoek. Het wetenschappelijk onderzoek, nodig voor het ontwikkelen van hoogwaardige kennis, is enerzijds patiëntgebonden en anderzijds fundamenteel.
Voor het onderwijs hebben de medische opleidingen hun ‘werkplaats’ in het ziekenhuis. Ongeveer een derde van de Geneeskundestudenten doet de praktijkstage bijvoorbeeld in het ziekenhuis. Op het gebied van wetenschappelijk onderzoek staat het Erasmus MC hoog aangeschreven. Het Erasmus MC behoort tot de onderzoekstop van Nederland en participeert in landelijke onderzoekscholen. Er zijn tal van samenwerkingsverbanden met centra voor gezondheidszorg in binnen- en buitenland.
Het onderzoek aan de faculteit is gegroepeerd rond de zwaartepunten Genetica, Endocrinologie en voortplanting, Immunologie en Hematologie, Oncologie, Cardiovasculaire aandoeningen, Neuroscience en Gezondheidswetenschappen. Aan het Erasmus MC is een groot aantal wetenschappelijke en onderzoeksinstituten verbonden.