Tussen het Erasmus MC en de geaffilieerde instelling wordt een affiliatieovereenkomst afgesloten, waarin de samenwerking op het gebied van coschappen in de masterfase van de studie Geneeskunde wordt geregeld. In deze affiliatieovereenkomst worden onder meer de onderwijstaak, onderwijscoördinatie, kwaliteitseisen, aansprakelijkheid, de omvang van de affiliatie in aantal jaarplaatsen per discipline en de financiële vergoeding daarvoor omschreven. Er is één standaard voor de affiliatieovereenkomst die het Erasmus MC hanteert.
De overeenkomst kan worden gewijzigd of beëindigd met inachtneming van een termijn van ten minste zes maanden. Wijziging en opzegging gebeuren schriftelijk.