Promotie R.G. (Ruben) Boers

Hieronder volgt een korte samenvatting van het proefschrift:

De methylering van het DNA is cruciaal voor cellen om genen uit te kunnen schakelen. Tijdens de vroege ontwikkeling van een embryo krijgen alle cellen hun specifieke DNA-methyleringspatronen, afhankelijk van het weefsel dat ze zullen vormen. Hoewel DNA-methyleringspatronen gedurende het hele leven zeer stabiel blijven, worden deze patronen tijdens het ontstaan van kanker drastisch veranderd. In deze thesis hebben we een nieuwe methode ontwikkeld, MeD-seq, die in staat is om al deze DNA-methyleringsveranderingen te detecteren tegen aanzienlijk lagere kosten en met zeer kleine hoeveelheden DNA in vergelijking met andere methoden. Hierdoor kan MeD-seq worden gebruikt om kankers te detecteren en te classificeren met behulp van DNA uit bloedplasma. Dit wordt verder versterkt door de DNA-methyleringsdatabase die we hebben gegenereerd, waarin alle gynaecologische kankers en bijbehorende gezonde weefsels zijn opgenomen. Deze database wordt voortdurend uitgebreid en dient als basis voor kankerdiagnose en behandelingsmonitoring.
Daarnaast hebben we een creatieve en innovatieve tool ontwikkeld, genaamd DCM-Time Machine (DCM-TM), die gebruik maakt van een vorm van DNA-methylering die normaal alleen in bacteriën voorkomt om actieve genen te labelen. Met DCM-TM kunnen we als het ware "terug in de tijd kijken" om te zien welke genen in het verleden waren aangezet. Oorspronkelijk werd MeD-seq ontwikkeld om experimenten met DCM-TM mogelijk te maken. Echter, omdat MeD-seq zeer nuttig bleek te zijn voor translationele en klinische studies, toont dit aan hoe fundamentele onderzoeksvragen, zoals DCM-TM, wetenschappers aansporen tot de ontwikkeling van nieuwe methoden die uiteindelijk in een veel breder veld toepasbaar zijn dan aanvankelijk gedacht.