Promotie L. (Lennart) van der Wal

Korte samenvatting van het proefschrift:

Het menselijk lichaam bestaat uit miljarden kleine cellen, een soort kleine fabriekjes die ervoor zorgen dat wij kunnen bestaan en alles doen. Deze kleine fabriekjes gebruiken allemaal kleine machines, in de vorm van eiwitten, om zo ervoor te zorgen dat zowel de fabrieken als het menselijk lichaam blijven functioneren. Mijn onderzoek richtte zich op hoe deze eiwitten verwijderd worden uit de fabriekjes, als ze niet meer nodig zijn of als ze te oud worden. Dit gebeurt door een soort sticker, of ubiquitine, op de eiwitten te zetten, waardoor het recycling systeem van de cel weet dat deze eiwitten afgebroken moeten worden. 

Bij dit recycling systeem, oftewel het proteasoom, wordt de uiteindelijke beslissing tot het afbreken van de eiwitten genomen. Bij het proteasoom zitten meerdere 'deubiquitylases', eiwitten die het label er nog af kunnen halen voor het vernietigd wordt. Dit proces, met de beslissing of een eiwit verwijderd wordt, is waar we in geïnteresseerd zijn. Hoe komt een cel tot deze beslissing, en wat zijn de rollen van de 3 verschillende deubiquitylases van het proteasoom?
Om deze vragen te beantwoorden maken wij gebruik van de massa spectrometer, een machine waarmee we heel nauwkeurig veel eiwitten tegelijk kunnen meten. Deze kunnen we gebruiken om te zien welke eiwitten het label tot vernietigen hebben op verschillende momenten en onder verschillende condities. Hiervoor zijn we onder andere bezig geweest met verbeteringen aanbrengen in de manier waarop deze labels gemeten kunnen worden, en hebben we gekeken hoe we beter eiwitten kunnen meten op deze machines.